Η Μαρία Καψοκεφάλου είναι Καθηγήτρια στην Διατροφή του Ανθρώπου στο Τμήμα Επιστήμης Τροφίμων και Διατροφής του Ανθρώπου του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών (ΓΠΑ). Διευθύνει το Ινστιτούτο Γεωργίας και Τροφίμων του ΓΠΑ. Είναι μέλος του Board of Directors του EuroFIR AISBL. Έχει διατελέσει Αντιπρύτανης του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών (2014-2018), μέλος του Εθνικού Συμβουλίου Έρευνας και Καινοτομίας (ΕΣΕΚ) (2016-2019), του Διοικητικού Συμβουλίου του ΕΦΕΤ (2015-2018), μέλος και Αντιπρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου του Ελληνικού Ινστιτούτου Παστέρ (2015-2018 και 2018-2019) και μέλος και Αντιπρόεδρος του Συμβουλίου του EUFIC (2020-2025).
Σπούδασε Χημεία στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Συνέχισε τις μεταπτυχιακές της σπουδές με υποτροφία του Ιδρύματος Fulbright στο Πανεπιστήμιο Cornell των ΗΠΑ, όπου και απέκτησε και το Διδακτορικό Δίπλωμα. Ήταν μεταδιδακτορική ερευνήτρια στο Πανεπιστήμιο Cornell των ΗΠΑ, στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης και στο Πανεπιστήμιο ETH, Zurich. Από το 2001 είναι μέλος του ΔΕΠ του ΓΠΑ.
Το ερευνητικό της ενδιαφέρον κινεί η μελέτη των διατροφικών χαρακτηριστικών των τροφίμων με στόχο τη βελτίωση της δημόσιας υγείας, ειδικότερα η μελέτη της βιοδραστικότητας συστατικών και η ανάπτυξη ερευνητικών εργαλείων όπως οι πίνακες σύστασης τροφίμων. Το επιστημονικό της ενδιαφέρον εστιάζεται σε σύγχρονα θέματα που αφορούν στην βιώσιμη διατροφή και στην αειφόρο ανάπτυξη του αγροδιατροφικού χώρου στην Ελλάδα.
Η Μαρία Καψοκεφάλου είναι συγγραφέας 90 επιστημονικών άρθρων (h-index 37, citations 4350). Έχει υλοποιήσει 47 ερευνητικά και επιστημονικά προγράμματα, ευρωπαϊκά, εθνικά ή ιδιωτικά, ως επιστημονική υπεύθυνος ή ως μέλος της επιστημονικής ομάδας.