Η Δρ Ελένη Ντούνη είναι Καθηγήτρια με γνωστικό αντικείμενο «Βιοτεχνολογία Ζώων» στο Τμήμα Βιοτεχνολογίας του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών (ΓΠΑ) και Συνεργαζόμενη Καθηγήτρια στο Ινστιτούτο Βιοκαινοτομίας του Ερευνητικού Κέντρου Βιοϊατρικών Επιστημών (ΕΚΕΒΕ) «Αλέξανδρος Φλέμιγκ». Παράλληλα, είναι Διευθύντρια του Εργαστηρίου Γενετικής (2024), Αναπληρώτρια Κοσμήτορας στη Σχολή Εφαρμοσμένης Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας του ΓΠΑ, καθώς και Αναπληρώτρια Πρόεδρος του Τμήματος Βιοτεχνολογίας (2022). Από το 2019, είναι επίσης μέλος του Επιστημονικού Συμβουλίου Ινστιτούτου (ΕΣΙ) του Ινστιτούτου Βιοκαινοτομίας του ΕΚΕΒΕ «Αλέξανδρος Φλέμιγκ». 

Έλαβε το πτυχίο και το διδακτορικό της, με Άριστα, από το Τμήμα Βιολογίας της Σχολής Θετικών Επιστημών του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (ΕΚΠΑ). Το ερευνητικό της έργο επικεντρώνεται στη μελέτη παθοφυσιολογικών μηχανισμών στην οστεοπόρωση, τον καρκίνο του μαστού και τις οστικές μεταστάσεις, μέσω της μοντελοποίησης ανθρώπινων ασθενειών σε ποντίκια. Στόχος της έρευνάς της είναι η ανάπτυξη και η προκλινική αξιολόγηση νέων στοχευμένων θεραπειών, αξιοποιώντας καινοτόμες τεχνολογίες αιχμής. Διαθέτει εκτενή εκπαιδευτική εμπειρία, τόσο σε προπτυχιακό (μαθήματα όπως Ιστορία της Σύγχρονης Βιολογίας, Γενετική, Ειδικά Θέματα Σύγχρονης Γενετικής, Ανοσοβιολογία, Βιοτεχνολογία Ζώων, Γενετική Ασθενειών του Ανθρώπου) όσο και σε μεταπτυχιακό επίπεδο, συμμετέχοντας σε 8 Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών. Έχει επιβλέψει 12 διδακτορικές διατριβές, 8 μεταπτυχιακές μελέτες και περισσότερες από 70 προπτυχιακές μελέτες. Το ερευνητικό της έργο έχει ανακοινωθεί σε περισσότερες από 55 δημοσιεύσεις σε επιστημονικά περιοδικά υψηλού κύρους και βιβλία, ενώ έχει συγκεντρώσει πάνω από 3.500 αναφορές με h-index 27 (Scopus). Έχει παρουσιάσει τα αποτελέσματα των ερευνών της σε περισσότερες από 200 ομιλίες και ανακοινώσεις σε επιστημονικά συνέδρια και έχει συμμετάσχει στη διοργάνωση εθνικών και διεθνών συνεδρίων. Είναι κριτής σε πολυάριθμα επιστημονικά περιοδικά και φορείς χρηματοδότησης και έχει συμμετάσχει σε περισσότερα από 20 εθνικά και ευρωπαϊκά ερευνητικά προγράμματα ως συντονίστρια ή συνεργαζόμενη ερευνήτρια.