Η Δρ Ελένη Γ. Παπάζογλου είναι μέλος Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (Ε.ΔΙ.Π.) στο Εργαστήριο Συστηματικής Βοτανικής του Τμήματος Επιστήμης Φυτικής Παραγωγής του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών, με γνωστικό αντικείμενο «Εφαρμοσμένη Βοτανική». Τα κύρια ερευνητικά της ενδιαφέροντα περιλαμβάνουν τη φυτοεξυγίανση (phytoremediation) και τη φυτοδιαχείριση (phytomanagement) ρυπασμένων και υποβαθμισμένων εδαφών, την καλλιέργεια μη εδώδιμων βιομηχανικών φυτών σε ρυπασμένα, αλατούχα και άλλα οριακά εδάφη, τις αποκρίσεις των φυτών σε περιβαλλοντικές καταπονήσεις, τη χρήση βιοδιεγερτών και ωφέλιμων μικροοργανισμών, τη βιοποικιλότητα και προσαρμογή της αυτοφυούς βλάστησης σε υποβαθμισμένα περιβάλλοντα, την αξιολόγηση υποαξιοποίητων φυτικών ειδών και ειδών ανθεκτικών στην κλιματική αλλαγή, καθώς και την αξιοποίηση νερού υποβαθμισμένης ποιότητας για την παραγωγή μη εδώδιμων καλλιεργειών.

Μέχρι τον Σεπτέμβριο του 2026, έχει συμμετάσχει σε 21 εθνικά και διεθνή ερευνητικά έργα, σε αρκετά από τα οποία ως επιστημονική υπεύθυνη, συντονίστρια ή επικεφαλής ερευνητικών δράσεων. Το επιστημονικό της έργο περιλαμβάνει 37 δημοσιεύσεις σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά με κριτές, 119 εργασίες σε πρακτικά διεθνών επιστημονικών συνεδρίων, ένα ελληνικό βιβλίο και τέσσερα κεφάλαια σε διεθνείς επιστημονικούς τόμους.

Διετέλεσε μεταδιδακτορική ερευνήτρια στο Centre for Environmental Sciences του Hasselt University, Βέλγιο (2017–2019), υπό την επίβλεψη του Καθηγητή Jaco Vangronsveld, και ερευνητική συνεργάτιδα στο Environmental Biotechnology Laboratory του Georgia Institute of Technology, ΗΠΑ (2009–2010). Είναι μέλος της Commission of Medical Sciences της Πολωνικής Ακαδημίας Επιστημών. Την περίοδο 2016–2020 διετέλεσε εξωτερική επί συμβάσει σύμβουλος του Institute of Bast Fiber Crops στην Κίνα, ενώ για την περίοδο 2025–2027 είναι εξωτερική επί συμβάσει εμπειρογνώμονας στο Green and Low-Carbon Production Technology Team του Institute of Bast Fiber Crops of Chinese Academy of Agricultural Sciences. Υπήρξε επίσης μέλος του EIP-AGRI Focus Group της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για τις αειφόρες βιομηχανικές καλλιέργειες στην Ευρώπη.

Υπήρξε υπότροφος του Ιδρύματος Ωνάση (1988–1990) και έλαβε δύο ερευνητικές χορηγίες από τον Σύλλογο Υποτρόφων του Ιδρύματος Ωνάση (2006–2008).