Ο Ευστράτιος Αϊδινίδης ολοκλήρωσε τις βασικές του σπουδές, στο Τμήμα Δασολογίας και Φυσικού Περιβάλλοντος του Α.Π.Θ., το 1983. Ακολούθως, στο ίδιο Τμήμα, το 2003, ολοκλήρωσε με βαθμό άριστα, το μεταπτυχιακό κύκλο σπουδών στην Εξειδίκευση Τεχνική-Ανάπτυξη, και στην κατεύθυνση Συγκομιδής και Τεχνολογίας Δασικών Προϊόντων, ενώ από το 2022 είναι υποψήφιος διδάκτορας στο Τμήμα Δασολογίας και Διαχείρισης Φυσικού Περιβάλλοντος του ΓΠΑ. Από τον Ιούνιο 1983 μέχρι το Νοέμβριο 1983 και από τον Οκτώβριο 1985 μέχρι τον Ιούνιο 1986, εργάστηκε στη Διεύθυνση Αναδασώσεων Ν. Θεσσαλονίκης και στο Δασαρχείο Θεσσαλονίκης σε διάφορες δασικές εργασίες ως εποχιακός. Από το 1986 έως και το 1991 δίδαξε, ως έκτακτο επιστημονικό προσωπικό, στην τριτοβάθμια εκπαίδευση στα ΤΕΙ Λάρισας και Καβάλας. Από το 1991 έως 2006 εργάστηκε στη βιομηχανία ξύλου Βαλκάν Εξπόρτ αρχικά ως προϊστάμενος και μετέπειτα ως διευθυντής παραγωγής. Από το 2006 είναι μέλος ΔΕΠ βαθμίδας Καθηγητή Εφαρμογών στο Τμήμα Δασοπονίας και Διαχείρισης Φυσικού Περιβάλλοντος Καρπενησίου του ΤΕΙ Λαμίας, μετέπειτα του ΤΕΙ Στερεάς Ελλάδας, από το 2019 ως Λέκτορας Εφαρμογών στο Γενικό Τμήμα του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών και από 3/8/2020, στο Τμήμα Δασολογίας και Διαχείρισης Φυσικού Περιβάλλοντος του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών στο Καρπενήσι. Έχει εκπονήσει μέχρι σήμερα πάνω από 20 δασολογικές μελέτες, έχει συγγράψει 3 διδακτικές σημειώσεις για τη διδασκαλία μαθημάτων στα ΤΕΙ, είναι συγγραφέας ενός βιβλίου, έχει συμμετάσχει σε 3 ερευνητικά προγράμματα και έχει 25 δημοσιεύσεις σε ελληνικά και ξένα περιοδικά και συνέδρια.