Ο Παναγιώτης Παναγάκης αποφοίτησε ως Γεωπόνος από την Ανωτάτη Γεωπονική Σχολή Αθηνών (ειδίκευση Εγγείων Βελτιώσεων και Γεωργικής Μηχανικής) το 1985, στη συνέχεια ακολούθησε Μεταπτυχιακές σπουδές στο University of Florida (Department of Agricultural Engineering) από όπου το 1987 έλαβε το Master of Engineering και τέλος το 1993 αναγορεύθηκε σε Διδάκτορα των Γεωπονικών Σπουδών από το Γεωργικό Πανεπιστήμιο Αθηνών.

Στα πλαίσια του ερευνητικού του έργου ασχολείται με θέματα που αφορούν στη Στέγαση Ζώων και ειδικότερα:

- Στο σχεδιασμό των χώρων στέγασης των ζώων, λαμβάνοντας υπόψη ζωοτεχνικά δεδομένα (π.χ. υπολογισμός σε ετήσια βάση των πληθυσμών ανά κατηγορία ζώων, οργάνωση της αναπαραγωγικής διαδικασίας, κλπ.).

- Στην εξασφάλιση της λειτουργικής και απρόσκοπτης επικοινωνίας των χώρων στέγασης των ζώων στις κτηνοτροφικές μονάδες από την άποψη της κυκλοφορίας του ζωικού πληθυσμού, της οργάνωσης της εργασίας των σταβλιτών, της διαχείρισης των παραγόμενων προϊόντων, της απομάκρυνσης των στερεών και υγρών αποβλήτων.

- Στην επιλογή των κατασκευαστικών λύσεων και στην αξιολόγηση του τρόπου με τον οποίο εξυπηρετούν τις συνθήκες καλής διαβίωσης των ζώων.

- Στον έλεγχο και στη διαμόρφωση του τεχνητού περιβάλλοντος των χώρων στέγασης και στη μελέτη των επιπτώσεων του στην ευζωία των ζώων.