Ο Δρ. Ε. Φλεμετάκης υπηρετεί ως Καθηγητής στο Τμήμα Βιοτεχνολογίας του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών με γνωστικό αντικείμενο «Βιοχημεία Φυτών και Μικροοργανισμών». Επιπλέον έχει εργαστεί σε σημαντικό αριθμό Πανεπιστημίων και ερευνητικών κέντρων του εξωτερικού. Στα ερευνητικά του ενδιαφέροντα περιλαμβάνονται η Βιοχημική και Μοριακή ανάλυση των κύριων Βιοχημικών και Φυσιολογικών διεργασιών σε φυτά και μικροοργανισμούς και η ανάπτυξη νέων βιοτεχνολογικών εφαρμογών που βασίζονται σε αυτές. Η ερευνητική δραστηριότητα στον τομέα αυτόν περιλαμβάνει τόσο καλλιεργούμενα φυτικά είδη, όσο και ενδημικά είδη φυτών και μικροοργανισμών με μεγάλο βιοτεχνολογικό ενδιαφέρον, όπως οι αζωτοδεσμευτικοί μικροοργανισμοί και οι αλληλεπιδράσεις τους με καλλιεργούμενα και μη φυτά, οι βακτηριοφάγοι και τα μικροφύκη. Έχει εξαιρετική εμπειρία σε τεχνικές της Μοριακής Βιολογίας και Βιοχημείας, καθώς και σε σύγχρονες “-ομικές” τεχνολογίες που χρησιμοποιούνται ευρύτατα στη Βιοτεχνολογία στις μέρες μας. ‘Έχει συμμετάσχει ενεργά σε μεγάλο αριθμό Εθνικών και Ευρωπαϊκών ερευνητικών προγραμμάτων τόσο σε θέματα βασικής Βιολογικής και Βιοτεχνολογικής έρευνας, όσο και σε αντικείμενα Περιβαλλοντικής Βιοτεχνολογίας. Το δημοσιευμένο έργο του περιλαμβάνει περισσότερες από 120 ερευνητικές εργασίες σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά, καθώς και πάνω από 150 ανακοινώσεις σε διεθνή και εθνικά επιστημονικά συνέδρια. Μετέχει στη συντακτική ομάδα διεθνών επιστημονικών περιοδικών, και εκτελεί συστηματικά έργο κριτή σε επιστημονικές δημοσιεύσεις και ερευνητικά προγράμματα. Είναι μέλος της Ελληνικής Εταιρείας Βιοχημείας και Μοριακής Βιολογίας, της Αμερικάνικης Εταιρείας Φυσιολογίας Φυτών και της Αμερικανικής Εταιρείας Μικροβιολογίας