1. Φυσικές και χημικές ιδιότητες του νερού.
2. Γεωλογικά και μορφολογικά στοιχεία των υδάτινων μαζών (ακτές, ηπειρωτική κρηπίδα, ηπειρωτική κατωφέρεια, βυθός, άβυσσος, τάφρος, τεκτονικές πλάκες, δέλτα ποταμών, ιζήματα). Υδρολογικός κύκλος. Υδρογεωγραφικά στοιχεία. Σχηματισμός επιφανειακών υδάτινων μαζών.
3. Θερμοκρασία φυσικών υδάτινων μαζών και κάθετη στρωμάτωση. Θερμοκλινές και πυκνοκλινές.
4. Κινήσεις υδάτινων μαζών (κύματα, παλιρροϊκά φαινόμενα, θαλάσσια ρεύματα, δύναμη Corriolis, σπείρα του Ekman, upwelling, στρόβιλοι).
5. Διαφάνεια, φώς, χρώμα και θολότητα φυσικών υδάτινων μαζών. Υδροστατική πίεση και ταχύτητα του ήχου στο υδάτινο περιβάλλον.
6. Χημικά χαρακτηριστικά φυσικών υδάτων (σύσταση σε κύρια ανόργανα στοιχεία, αέρια, θρεπτικά στοιχεία, κλπ. και pH).
7. Υδάτινα Οικοσυστήματα: ορισμοί, συστατικά στοιχεία, βιογεωχημικοί κύκλοι, βιολογική δομή (θώκος, ενδιαίτημα, βιοκοινωνίες, αφθονία και ποικιλότητα ειδών, κλπ.), οικολογικός έλεγχος και ρύθμιση.
8. Η ζωή στο υδάτινο περιβάλλον (πλαγκτόν, βένθος, νηκτόν, νευστόν). Οργανισμοί των φυσικών υδάτων (αλμυρών, γλυκών και υφάλμυρων). Διαίρεση του θαλάσσιου και λιμνητικού περιβάλλοντος.
9. Πλαγκτόν και πλαγκτικές βιοκοινωνίες. Μηχανισμοί πλευστότητας.
10. Το φυτοπλαγκτόν (Διάτομα, Δινομαστιγωτά και άλλοι φυτοπλαγκτικοί οργανισμοί).
11. Το ζωοπλαγκτόν (Κωπήποδα και άλλοι ζωοπλαγκτικοί οργανισμοί).
12. Πρωτογενής παραγωγή. Παράγοντες που επηρεάζουν την πρωτογενή παραγωγικότητα. Γεωγραφικές διαφοροποιήσεις της παραγωγικότητας.
13. Οικολογία και προσαρμογές νηκτού με έμφαση στα θαλάσσια Θηλαστικά (κίνηση, πλευστότητα, σχήμα σώματος, χρωματισμός παραλλαγής, ηχοεντοπισμός, μεταναστεύσεις, αναπαραγωγή, κλπ.).
14. Οικολογία και προσαρμογές των οργανισμών σε διάφορες ζώνες του πελαγικού περιβάλλοντος στη βαθειά θάλασσα (χρώμα, μέγεθος, οφθαλμοί, βιοφωσφορισμός, κλπ.).
15. Εργαστηριακές ασκήσεις σχετικά με τη βιολογία και μορφολογία υδρόβιων οργανισμών που ανήκουν στα Σχιζόφυτα και Φυκόφυτα με έμφαση στο φυτοπλαγκτόν, όπως Βακτήρια (κυρίως θειοβακτήρια), Κυανοβακτήρια, Ευγληνοφύκη, Δινομαστιγωτά, Διάτομα, Χλωροφύκη, Ξανθοφύκη, Φαιοφύκη, Ροδοφύκη.
16. Εργαστηριακές ασκήσεις σχετικά με τη βιολογία και μορφολογία ζωοπλαγκτικών οργανισμών που ανήκουν στο : 1) Ολοπλαγκτόν: Πρωτόζωα (Τρηματοφόρα, Ακτινόζωα, Βλεφαριδοφόρα), Κνιδόζωα (μέδουσες Υδρόζωων και Σκυφόζωων, Σιφωνοφόρα, Χονδροφόρα), Πολύχαιτοι, Κτενοφόρα, Μαλάκια (Πτερόποδα, Ετερόποδα), Χαιτόγναθοι, Καρκινοειδή (Οστρακώδη, Κλαδοκεραιωτά, Κωπήποδα, Αμφίποδα, Ευφαυσεώδη, Μυσιδώδη, Ανόστρακα), Χορδωτά (Κωπηλάτες, Πυροσώματα, Σάλπες, Βυτιοειδή, 2) Μεροπλαγκτόν: προνύμφες Μαλακίων, Δακτηλιοσκωλήκων, Εχινοδέρμων, Καρκινοειδών και 3) Ιχθυοπλαγκτόν: αυγά και ιχθύδια.
17. Εργαστηριακή άσκηση σχετικά με τις μεθόδους συλλογής και μελέτης φυτοπλαγκτικών και ζωοπλαγκτικών οργανισμών.
