Το μάθημα εξετάζει τις αλληλεπιδράσεις φυτών-μικροοργανισμών, εστιάζοντας τόσο στις παθογόνες όσο και στις συμβιωτικές σχέσεις. Παρουσιάζει βασικές έννοιες φυτοπαθολογίας, συμπεριλαμβανομένης της μυκητολογίας, της προκαρυολογίας και της ιολογίας, καθώς και τους μηχανισμούς παθογένεσης, όπως ένζυμα, τοξίνες και φυτορμόνες. Αναλύει τους μηχανισμούς άμυνας των φυτών και τη σημασία της σηματοδότησης για την ανάπτυξη αντοχής, περιλαμβάνοντας τους διεγειρόμενους ενεργητικούς μηχανισμούς, την αντίδραση υπερευαισθησίας και την επαγόμενη και επίκτητη διασυστηματική αντοχή. Το μάθημα αναλύει τη σημασία του μικροβιώματος και των ενδοφυτικών μικροοργανισμών στην υγεία, την παραγωγικότητα και την προσαρμοστικότητα των φυτών, , παρουσιάζοντας ταυτόχρονα βιοτεχνολογικές εφαρμογές στους παραπάνω τομείς. Τέλος, εξετάζονται αναλυτικά οι συμβιωτικές αλληλεπιδράσεις μεταξύ φυτών και μικροοργανισμών οι οποίες περιλαμβάνουν Το παράδειγμα της μυκόρριζας και της συμβιωτικής αζωτοδέσμευσης. Παρουσιάζεται η σημασία των συμβιωτικών αλληλεπιδράσεων στη θρέψη και την προσαρμοστικότητα των φυτών σε δυσμενή περιβάλλοντα. Έμφαση δίνεται στην ανάλυση των μοριακών μηχανισμών αναγνώρισης και εγκαθίδρυσης και εξελικτικής πορείας των παραπάνω συμβιωτικών αλληλεπιδράσεων.