Με την ολοκλήρωση της θεωρίας του μαθήματος, οι φοιτητές αναμένεται να έχουν αποκτήσει τις ακόλουθες μαθησιακές ικανότητες: 1)  Κατανόηση των οικολογικών αρχών που διέπουν τη δομή, τη σύνθεση και τη λειτουργία των μικροβιακών κοινοτήτων σε διάφορες κλίμακες (κύτταρο, πληθυσμός, κοινότητα, μικροβίωμα). 2) Γνώση των σύγχρονων μοριακών και υπολογιστικών μεθόδων μελέτης μικροβιωμάτων (16S/ITS/18S amplicon sequencing, metagenomics) και των βασικών βιοπληροφορικών εργαλείων ανάλυσης. 3) Αναλύση και ερμηνεία δεδομένων μικροβιακής ποικιλότητας (alpha/beta diversity), σύνθεσης κοινοτήτων και λειτουργικού δυναμικού χρησιμοποιώντας διαφορετικά πακέτα σε περιβάλλον R. 4) Περιγραφή των χαρακτηριστικών και τον οικολογικό ρόλο διαφορετικών μικροβιωμάτων εδάφους, φυτών (ριζόσφαιρα, φυλλόσφαιρα) και ανθρώπου. 5) Κριτική αξιολόγηση των δυνατότητων και των περιορισμών εφαρμογών μικροβιωμάτων στην αειφόρο γεωργία, την αποκατάσταση περιβάλλοντος και την αντιμετώπιση της κλιματικής αλλαγής. 6) Αποτελεσματική συνεργασία σε ομάδες για την ανάλυση πραγματικών datasets μικροβιωμάτων και την παρουσίαση ερευνητικών αποτελεσμάτων