Τον Νοέμβριο του 2019 το Πρόγραμμα Προπτυχιακών Σπουδών του Τμήματος Βιοτεχνολογίας / Σχολής Εφαρμοσμένης Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας / Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών αξιολογήθηκε από Επιτροπή Εξωτερικής Αξιολόγησης και Πιστοποίησης, η οποία συνέταξε σχετική Έκθεση. Βάσει αυτής το Συμβούλιο Αξιολόγησης και Πιστοποίησης της Εθνικής Αρχής Ανώτατης Εκπαίδευσης (ΕΘΑΑΕ), αποφάσισε την πιστοποίηση του Προγράμματος Προπτυχιακών Σπουδών του Τμήματος Βιοτεχνολογίας, με την επισήμανση ότι αυτό συμμορφώνεται πλήρως με τις αρχές του Προτύπου Ποιότητας ΠΠΣ της ΕΘΑΑΕ και τις Αρχές Διασφάλισης Ποιότητας του Ευρωπαϊκού Χώρου Ανώτατης Εκπαίδευσης (ESG 2015), για το επίπεδο σπουδών 6 του Εθνικού και Ευρωπαϊκού Πλαισίου Προσόντων.
Η διάρκεια ισχύος της πιστοποίησης ορίζεται από 29-05-2020 έως 28-05-2024.

Η διαδικασία αξιολόγησης του εκπαιδευτικού έργου και των υπηρεσιών του Ιδρύματος από τους φοιτητές υλοποιείται μέσω του Συστήματος Αξιολόγησης Ποιότητας. Κάθε χρόνο διενεργείται ηλεκτρονική αξιολόγηση του εκπαιδευτικού έργου για τα μαθήματα του εαρινού εξαμήνου και για τα μαθήματα του χειμερινού εξαμήνου. Για την συμμετοχή τους στην ηλεκτρονική αξιολόγηση, οι φοιτητές συνδέονται στην Ιστοσελίδα του Συστήματος Αξιολόγησης Ποιότητας του Ιδρύματος και προχωρούν στην αξιολόγηση σε καθορισμένη περίοδο του εξαμήνου.