Μεταξύ των σκοπών του μαθήματος είναι, οι φοιτητές που θα το παρακολουθήσουν επιτυχώς, να κατανοήσουν τη σημασία που έχει η προστασία του περιβάλλοντος στις παραγωγικές δραστηριότητες, με έμφαση στην πρωτογενή παραγωγή. Επίσης, η εφαρμογή στην πράξη βασικών αρχών των επιστημών της Οικολογίας, του Περιβάλλοντος και της Τοξικολογίας, συνεισφέρουν ουσιαστικά στην κατανόηση των προβλημάτων που αντιμετωπίζει σήμερα η κοινωνία σχετικά με την ποιότητα του περιβάλλοντος και τις επιπτώσεις της στην λειτουργία των φυσικών, ημι-φυσικών και ανθρωπογενών  οικοσυστημάτων.

Επιπλέον σκοπός είναι η ενδελεχής κατανόηση των θεμελιωδών εννοιών της επιστήμης της Οικοτοξικολογίας και των μηχανισμών μεταφοράς των τοξικών ουσιών στο περιβάλλον και στην τροφική αλυσίδα.